Ich hatte mal das selbe Problem bei einer Webasto Thermo-Top. Bei mir lag der Fehler darin, daß im Wasser-/Heizkreislauf eine große Luftblase war, welche ständig mit umgepumpt wurde. Wenn diese Luftblase an der Standheizung angekommen ist wird diese natürlich viel schneller heiß als das Wasser -> die Standheizungen sind dann so intelligent, daß sie abschalten, wegen Überhitzungsgefahr... Eventuell kannst Du es an der Standheizung auch "gluckern" hören.
Daher würde ich als erstes den heizkreislauf ordentlich entlüften.