Getriebelager mal prüfen. Wenn die härter (neuer) sind, dann kommt dir das rauer vor wenn du vorher ausgelutschtes Zeug gefahren bist.
Auch könnten die Lager so weich sein, dass das Getriebe diese "auf Anschlag" (beim Handschalter auf jedenfall möglich) drückt und damit auch wieder Vibrationen überträgt.