Mein Getriebe war damals mal im Notlauf (also zwangsweise 3. Gang) - da bekommt man echt Angst um sein Getriebe!

Was die Funktion "M" bei dem 4.2er betrifft, so kann ich Dir da nicht zustimmen, zumindest nicht im Bezug auf den 4.2er, der momentan hier steht.
Schalte ich auf "M" und "3", fährt er genauso im 3. Gang an wie der 3.6er von 89 (Habe ich heute erst ausprobiert).
Auch die Geschwindigkeiten, bei welchen die Gänge geschaltet werden ("E"), sind bis auf 1 oder 2 km/h absolut identisch.
Unterschiede habe ich lediglich im Modus "S" gemerkt, aber das kann ja auch, wie Du bereits erwähnt hast, an den unterschiedlichen Getrieben und dessen STG's liegen.