Ich glaube Dir ja Deine Geschichte, aber das hatte damals mit Sicherheit nichts mit der kleineren Batterie zu tun. Eine kleinere Batterie hat weniger Kapazität, an der Spannung ändert sich nichts und daher auch nicht am Strom. Einzig der Ladestrom ist aufgrund des höheren Innenwiderstands niedriger. Der Regler wird dabei eher weniger belastet. Bei Deinem Erlebnis tippe ich eher auf einen defekten Gleichrichter. Der wird nämlich warm und im Fehlerfall sogar heiss.
Der Aufbau und die Funktionsweise des Reglers haben mit der Batterie auch nix zu tun, denn sonst bekämen alle mit einer alten, defekten oder leeren Batterie Probleme. Eine 7 Jahre alte 95Ah verhält sich nämlich auch kaum anders wie eine neue 60Ah. Meine ist jetzt knapp 9 Jahre alt und alles läuft bestens.
