2 ganz einfache möglichkeiten, erstens, ein schalter einbauen, die 2. Batterie wird erst dann geladen wenn du den schalter drückst, ist allerdings etwas unelegant.
Ansonsten kannst du mal im Wohnmobilbereich schauen, dort gibt es intelligente Batteriewächter, Teilweise mit frei wählbaren ein und ausschaltspannungen. Sprich z.b. bei spannungen unter 12.5 V ist alles getrennt, und erst sobald nochmal eine Spannung von über 13.5V anliegt wird die 2. Batterie geladen. Vorteil davon, das ganze is voll automatisch, und wirklich teuer ist das ganze auch net.