Hallo Christian,
ich habe auch nur einen einfachen ODB2-Stecker mit der alten VAG-COM 3.11 Version.
Mein A6 ist auch aus 1999 und die Motoren 4,2 und 3,7 40V haben meines Wissens auch die gleiche (oder ähnliche) Mototronik.
Probier doch mal aus, ob Du die Software zum laufen bekommst.
Schöne Grüsse
Martin